菌肥，簡單說就是加了菌的肥料，專業稱為微生物肥料。這可不是隨便加的菌，而是由科研人員精挑細選的功能菌。一般來說，每種功能菌的作用都不相同。比如，有的功能菌能幫助果樹的根吸收營養，有的能阻止危害果樹的致病菌生長，有的能釋放促進植物生長的物質等。
菌肥作用：
1、枯草芽孢桿菌：增加作物抗逆性、固氮。
2、地衣芽孢桿菌：抗病、殺滅有害菌。
3、解淀粉芽孢桿菌：分泌抗菌物質，產生拮抗作用，營養與空間的競爭，誘導寄主產生抗性和促進植物生長，是菌肥中主要生防功能菌。
4、巨大芽孢桿菌：解磷促鉀，提高植物對磷鉀的吸收利用，促進肥效。
5、膠凍樣芽孢桿菌：解鉀，釋放出可溶磷鉀元素及鈣、硫、鎂、鐵、鋅、鉬、錳等中微量元素。
6、側孢芽孢桿菌：促根、殺菌及降解重金屬。
7、膠質芽孢桿菌：有溶磷、釋鉀和固氮功能，分泌多種酶，增強作物對一些病害的抵抗力。
8、涇陽鏈霉菌：具有增強土壤肥力、刺激作物生長的能力。
9、棕色固氮菌：固定空氣中的游離氮，增產。
10、圓褐固氮菌：固氮、提高作物產量。
11、放線菌：拮抗病原菌防病壯菌的作用，分泌細胞分裂素促進作物的生長。
12、光合菌群：合成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質和生理活性物質等，是肥沃土壤和促進動植物生長的主力部隊。
13、乳酸菌群：具有很強的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動和有機物的急劇腐敗分解，能夠分解在常態下不易分解的木質素和纖維素，并使有機物發酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產生的致病菌增殖。
為什么10個億菌的比1個億的還便宜？
微生物的成本應該由三部分組成：有效功能菌、載體和其他添加物菌固然是成本的首要因素，否則就不是菌肥了。但目前菌、功能菌、活菌、基礎菌、總菌數、菌落數、根際細菌，五花八門的叫法很多。定義不同，意義就不同，隨意抓片樹葉就含菌幾萬，不能說這含菌的樹葉就值多少錢。各種定義的菌差異很大，確切的概念應該是有效功能菌；不同的菌種，功能、效果不同，成本也會有很大差異。千萬不要被標示的5億，10億，甚至15億的菌含量所蒙蔽，國家標準：微生物菌劑產品顆粒的是≥1億，液體是≥2億。生物有機肥是≥0.2億，是國家相關專家經過多年的理論和實踐制定的。看到動輒標示的10億、15億菌含量的微生物菌肥一定要注意。
“菌肥”的6個認知誤區：
誤區1：靠見效速度評價產品好壞，認為見效快的就是好菌劑或菌肥
肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這是與化學肥料和植物調節劑的最大區別，也就出現了微生物肥料速效性不如后兩者的現象。見效慢并不意味著品種是無效果的，能在較短時間內看到作物長勢明顯改善的品種未必是好品種，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。
誤區2：種類混亂，分不清使用的是菌劑還是菌肥
農用微生物菌劑是指目標微生物（有益菌）經過工業化生產擴繁后制成的活菌制劑；微生物菌肥包含復合微生物肥料和生物有機肥，分別指目的微生物經工業化生產增殖后與營養物質和主要動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理的有機物料復合而成的活菌制品。菌劑、菌肥最大的區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需結合實際需求選擇對路產品。
誤區3：認為一種產品中菌的種類越多、菌種數量越大越好
復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。產品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的標準為“有效活菌數（CFU）”，有效活菌數量越大效果越好。此外，菌的純度也至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用。市場上少數不合格產品中含有致病菌，不僅修復不了土壤，還會導致病害發生。
誤區4：一個季節使用一次就可以，一次使用作用可持續多年
部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后成為優勢菌群，但外部環境的改變會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持其地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。
誤區5：不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題
少數用戶缺乏對癥用菌的意識，選購產品時只注重是否含菌，而不關注菌的種類，使用不對癥的菌品種后，達不到所需目的。現階段在農業部獲得登記的微生物品種有9種，具有不同的功能，要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。
誤區6：超過保質期使用就沒有效果
國家標準規定，“農用微生物菌劑產品”及“有機物料腐熟劑產品”液體制品保質期為3個月，粉劑及顆粒制品為6個月。超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。
菌肥高效施用7法則！
一、與化肥混施。
有些菜農認為，菌肥不能與化學肥料混用。混用后，高濃度的化學物質就會殺滅菌肥中的活性菌，因而致使菌肥失去效果。殊不知菌肥中養分含量很少，單獨使用很難滿足作物生長需求。菌肥可與化肥混合使用。如過磷酸鈣等施入土壤后易被固定，與生物有機肥混合施用，可減少養分固定、流失。而且單獨施用較大量的化肥或化肥施用不均勻時，容易對作物產生毒副作用，如果與菌肥混合施用，則會減少此類問題發生。那么，所有化學肥料都可以與菌肥一起混施嗎？不是的！首先，微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性降低并造成部分菌死亡。還有，與化肥混用要注意化肥用量不能過大。高濃度的化學物質對菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。最后，注意千萬不要與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時，若施菌肥與防病蟲、除草相矛盾時，可先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時還應防止與未腐熟的農家肥混用，因為農家肥在腐熟的過程中會發酵，這樣會直接殺死生物菌。
二、適量施用。
土壤中施入較多的菌肥，雖然不會出現燒根燒苗現象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，雖然不會向化學肥料那樣造成蔬菜燒根死苗，只是蔬菜植株體內鹽類積累增加，有害消費者的圣體健康，惡化土壤質地，但最起碼增加了肥料投入成本（因為生物菌肥價格較高），降低蔬菜的栽培效益。因此，應根據不同作物的需要和土壤養分狀況，科學地確定生物菌肥施肥量，才能達到增產增收的目的。在土壤狀況比較正常的情況下，一般以畝（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右為宜。如果土壤鹽漬化程度較高，可適當增加生物菌肥的施用量。一般根據土壤的鹽漬化程度高低，每畝（667平方米）可適當增施10～20公斤為宜。
三、滿足生物菌肥肥效發揮條件。
有機生物菌肥內含有大量的土壤微生物菌劑，這些微生物能夠釋放土壤中的不可溶性磷鉀等肥料元素，施用后增效顯著。但是，這類微生物多是好氣性菌類，它們的一切生命活動，都需要適宜的溫度、水分和適量的氧氣。因此，必須在高溫燜室以后才能施用，以免燜室時因土溫高，使之失去活力，而且要淺施，入土深度5～8厘米為好，不可深于10厘米，防止深層土壤氧氣不足，影響微生物的活性，降低使用效果。
四、施用菌肥要注意田間實際狀況。
對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒肥，可采用噴霧的方法，效果更明顯。
五、注意棚溫、地溫和水溫。
施用菌肥的最佳溫度是25～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌最適溫度，土壤含水量是60～70%左右。
六、因量制宜。
對于多年來用化肥的田塊施用了生物菌肥不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補足，不能減少。
七、因時制宜。
生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營養臨界期和大量吸收期前7～10天施用效果最佳。同時對不同作物或同一作物的不同時期，要選用不同的施用方法，作物葉背茸毛的多少、葉片蠟質的厚薄都會影響其使用效果。